Existem diversas condições que podem acarretar ou favorecer o aparecimento de transtornos que afetam o desenvolvimento neuropsicomotor. Elas podem ser de origem pré-natal, perinatal e pós-natal e influenciadas tanto por fatores biológicos, como por fatores ambientais, sociais e culturais.
As causas ou fatores de risco de origem pré-natal estão relacionadas a comprometimentos que o feto pode ter sofrido durante a gestação, como por exemplo o uso de álcool ou drogas pela mãe, síndromes genéticas (como a síndrome de Down), cardiopatia congênita ou anomalias cerebrais congênitas. Já as causas perinatais, são de ocorrências do momento do parto, como por exemplo a prematuridade, baixo peso ao nascer e Encefalopatia Hipóxico Isquêmica. Após o parto algumas condições e situações podem impactar negativamente o sistema nervoso ainda imaturo, como infecções, doenças crônicas, lesões traumáticas, hipoglicemia, entre outras.
No Brasil é apontado que as condições de saúde e doenças mais incidentes e prevalentes que acarretam transtornos do neurodesenvolvimento são a síndrome do zika vírus, a paralisia cerebral, epilepsia, síndrome de Down, o Transtorno do Espectro Autista e o Transtorno do Déficit de Atenção e Hiperatividade.